2013 m . liepos 13 d. leidinyje „Valstybės žinios“ paskelbtas LR pelno mokesčio įstatymo 2, 4, 12, 42, 46-1 ir 53 straipsnių pakeitimo įstatymas Nr. XII-428 (Žin., 2013, Nr. 75-3757, toliau – Įstatymas). Įstatymo tikslas – pratęsti investicinius projektus vykdantiems ir į esminį technologinį atsinaujinimą investuojantiems vienetams nustatytos pelno mokesčio lengvatos taikymo terminą, sudaryti galimybę investicinio projekto lengvata pasinaudoti vienetams, įsigijusiems krovininius automobilius, priekabas ir puspriekabes, sudaryti galimybes vienetams pasinaudoti pelno mokesčio lengvatomis, susijusiomis su akcijų (dalių, pajų) išlaikymo terminais, tais atvejais, kai vienetai akcijas (dalis ar pajus) turi perleisti dėl teisės aktų reikalavimų, užsienio vieneto mokesčio bazei priskirti visas išmokas už stebėtojų tarybos narių veiklą, suvienodinti pelno mokesčio deklaravimo ir sumokėjimo terminus. Įstatyme nustatyti Pelno mokesčio įstatymo (Žin., 2001, Nr. 110-3992, toliau – PMĮ) pakeitimai:
1. Pagal PMĮ 46-1 str. 4 dalies nuostatas investicinius projektus vykdantiems ir į esminį technologinį atsinaujinimą investuojantiems vienetams nustatytos apmokestinamojo pelno sumažinimo lengvatos taikymo terminas pratęstas iki 2018 m.
2. Pagal PMĮ 2 str. 26 d. 2 punkto ir PMĮ 4 str. 4 d. 7 punkto nuostatas nuo 2014 m. sausio 1 d. užsienio vieneto mokesčio bazei priskiriamos visos išmokos už stebėtojų tarybos narių veiklą nepriklausomai nuo to, ar užsienio vienetui už stebėtojų tarybos narių veiklą atlyginama iš pelno mokamomis metinėmis išmokomis (tantjemomis), ar kitais būdais, bei nepriklausomai nuo išmokų išmokėjimo periodiškumo.
3. Apskaičiuojant 2014 metų ir vėlesnių metų mokestinių laikotarpių pelno mokestį:
1) PMĮ 46-1 str. 1 dalyje išplėstas ilgalaikio turto, kuriam taikoma investicinio projekto lengvata, sąrašas, įtraukiant krovininių automobilių, priekabų ir puspriekabių turto grupę, bei nustatytas apribojimas, kad apmokestinamąjį pelną dėl tokio turto įsigijimo galima sumažinti tik iki vieno milijono litų patirtų išlaidų per mokestinį laikotarpį suma;
2) pagal PMĮ 12 str. 15 punkto pakeitimą į šiame punkte nustatytus terminus dėl akcijų turėjimo neatsižvelgiama tais atvejais, kai akcijos perleidžiamos dėl teisės aktų reikalavimų, t. y. šiame punkte nustatytos lengvatos dėl turto vertės padidėjimo pajamų neapmokestinimo perleidžiant akcijas neprarandamos tais atvejais, kai akcijas vienetas privalo perleisti dėl teisės aktų reikalavimų anksčiau nei sueina PMĮ 12 str. 15 punkte nustatyti akcijų išlaikymo terminai;
3) Pagal PMĮ 42 str. 10 dalies pakeitimą į akcijų (dalių, pajų) išlaikymo terminus, kurių turi būti laikomasi siekiant pasinaudoti reorganizavimo atvejais taikomomis lengvatomis dėl turto vertės padidėjimo pajamų neapmokestinimo, neatsižvelgiama tais atvejais, kai akcijos (dalys, pajai) perleidžiamos dėl teisės aktų reikalavimų;
4. Pagal PMĮ 53 str. 1 dalies nuostatas, deklaruojant 2013 metų ir vėlesnių metų mokestinių laikotarpių pelno mokestį, apskaičiuotas pelno mokestis turi būti sumokėtas iki deklaracijos pateikimo termino, t. y. iki kito mokestinio laikotarpio šešto mėnesio pirmos dienos (jei mokestinis laikotarpis sutampa su kalendoriniais metais, tai ši diena bus birželio 1 diena). Pavyzdžiui, jei mokestinis laikotarpis yra kalendoriniai metai, tai už 2013 metų mokestinio laikotarpio rezultatus apskaičiuotas metinis pelno mokestis turės būti sumokėtas ne vėliau kaip iki 2014 m. birželio 1 d.